Bomben und Brände hatten in der „Nacht von Potsdam“ die Garnisonkirche schwer beschädigt. Das berühmte Glockenspiel stürzte mit dem brennenden Turm zu Boden. Einige Potsdamer sammelten aus den Trümmern Glocken und Glockenteile. Wie auch der markante Turmstumpf wurden sie zu Zeugen einer vergangenen Schönheit.
Wenige Jahre nach dem Zweiten Weltkrieg kehrte christliches Leben in die zerstörte Kirche zurück. Im Stumpf des Kirchturmes wurde die Heilig-Kreuz-Kapelle gebaut. Mit dem neuen Namen Heilig-Kreuz-Gemeinde sollte gezielt auf das Kreuz als „Versöhnungszeichen für alle Völker“ gewiesen werden. Die Kapelle war Ort regelmäßiger Andachten und Gottesdienste, Taufen und Trauungen.
Das „Kreuz auf der Weltkugel“ war das Bekenntnissymbol der Jungen Gemeinde. Die SED bestrafte das Tragen des Symbols als Anstecker und kriminalisierte die Junge Gemeinde als illegale Organisation. Die religionsfeindliche Politik der SED-Diktatur wirkte sich auch auf das kirchliche Leben der Heilig-Kreuz-Gemeinde aus.
Im Mai und Juni 1968 wurde die Heilig-Kreuz-Kirche durch mehrere Sprengungen zerstört. Museumsmitarbeiter bargen aus dem Schutt sammelwürdige Überreste wie diese Signalpatronen. Sie dienten der Warnung vor der Explosion. Zuvor hatten zahlreiche Bürgerinnen und Bürger jahrelang vergeblich versucht, den Abriss zu verhindern.